Malariarisiko besteht von Juni bis Oktober in einigen kleinen Gebieten in der Grenzregion im Süden sowie im Gebiet von Khachmas im Norden. Vereinzelt wurden auch Fälle in
der Umgebung von Baku gemeldet. Die Stadt Baku selbst gilt als malariafrei.
Es tritt ausschließlich die weniger gefährliche Form Malaria tertiana (Plasmodium vivax) auf.
